生物安全是通过一系列管理规定和措施，预防传染因子进入生产的每个阶段或场点或猪舍内，确保生产的正常进行。
多点体系的生物安全包括防止传染因子污染的几个方面：（1）来自多点体系外部的水平传入；（2）场点内部从一个到另一个场点的水平传播；（3）生产场点之间的垂直传播。对猪、人员和车辆移动的严格管理控制，是生物安全行之有效的防止传染因子传入或传播的关键。
多点体系是通过隔离断奶原理提高猪的健康状况。多点体系比较单场点和传统两场点猪场的主要优势在于，多点体系能够很容易地改善猪的健康状况而不用采取总体清群的方法。但在应用隔离断奶原理时，必须采用严格的措施防止传染因子的场点间传播，即从场点一传至场点二和场点三，再从场点三返回至场点一和场点二。
1、传染因子的气源或气雾传播
传染因子可在场点、位点、猪舍和单元之间，通过气源途径传播或扩散。实际上，传染因子在理想环境条件下能传播出几英里。然而从实践观点看，在相隔半英里至几英里（注：1英里相当1.6公里）的各场点之间的气雾传播并不普遍。但在猪舍的单元内和单元之间的气雾传播却是非常普遍的。在一位点内相距50～100英尺（注：1英尺=30.48厘米）的猪舍之间也经常有气雾传播。管理者对传染因子经气雾传播的防止几乎束手无策，因为这种传播方式主要取决于设施的设计和地理位置。
2、装猪和卸猪的程序问题
装猪和卸猪，是最有可能将疾病传入猪场的途径之一。如果对运输车辆（包括驾驶室和栏架）进行合理的清洁和消毒，则有可能预防疾病的传入。但遗憾的是，猪场内的管理者和人员在一些场合下，对进出猪场的运输车辆没有严格执行清洁和消毒。
⑴装进/装出设施
这一设施最好位于离主要生产区50～100英尺处。这样，猪场工人能够在运输车辆到达之前将猪赶入该设施中，然后驾驶人员不进入洁净通道就能装载猪只。如果需要更多的猪装载在车上，猪场工人可通过单向通道向该设施内赶入更多的猪。装载完毕后，要有人对该设施进行清洁和消毒。如果此人要返回猪场的主要生产区，必须经过更换衣服或沐浴洗澡的过程。
⑵内部独立运输系统
PIC公司前总经理David Hollier为了避免多点体系内场点、位点和猪舍的污染，最先提出了内部独立运输系统的理念。理想的这种方法包括两套运输车辆和两套清洁消毒设施（货车清洗）。内部车辆和车辆消毒设施只能用于场点和位点之间或位点内部的猪只运输，而外部车辆及其车辆消毒设施只能用于屠宰上市猪和种猪销售的运输。已在场外装运的任何外部车辆在再次用于从生产设施装猪之前必须予以彻底的清洁和消毒。
⑶往返运输
某些情况下，两辆运输车可用于猪舍间猪的运入和装出。当数个小批量的猪从多个猪舍中装运至大型的运输车辆上时，这也是很有用处的，但往返车辆每次往返之间必须彻底清洁和消毒。
3、人员对传染因子的可能传播
传染因子可以由人员的鞋子、衣服、皮肤和头发携带而传入猪的饲养设施中。理想上，所有“街道”衣服和鞋靴应被替换并沐浴洗澡，然后穿上猪场内提供的衣服。如果无条件沐浴，至少应换衣服和鞋靴。如果要求有关人员在进入猪场前至少一个晚上不与猪接触，或与猪有关的人员接触，那么通过皮肤或头发携带的传染可能性就大大降低。
4、猪的引入和移出
只有后备种猪才是允许进入猪场的新猪。千万不能从外部购猪运入没有充分利用的保育舍和育成舍内。装运死猪、淘汰种猪和出售猪的运输车辆很可能被污染，并成为疾病传播的重要隐患。
理想中，死猪应予焚烧、深埋或置于堆肥场所。如无这种可能，场点人员必须提供车辆将死猪装至一个由死猪搬运车收集的专门地点。对于这种转运，最好在该地点有一装载平台，其两侧有冷冻设备。场点人员可将死猪放在冷冻的设施内，然后收载死猪的人员在其他时间内收集，并运至专门焚烧的场所。
5、预防多点体系外部传染因子的水平传入
为防止传染因子的水平传入，管理者必须为所有涉及生产的人员，包括场主、高层管理者、员工和参观者制定程序性的指导意见。通常的经验证明，猪的引入、移动和运输车辆是新的传染因子传入猪场最常见的方式。但还有很多其他传播途径，包括精液、饲料、水、其他动物品种、鸟类、啮齿类和贮粪池，及粪尿的撒施等。一个警觉的员工团队可以阻止许多传染因子的可能传入。每个人都应以身作则，有权询问和阻止危及生物安全的事情。
6、预防场点内部传染因子的水平传播
上述的生物安全措施同样适用于防止场点内传染因子的传播（同一场点内各位点之间的传播）。防止内部传播应该注意随着多点体系类型的不同和涉及的生产特殊阶段而有变化。
⑴场点一（繁殖生产阶段）
在三点（多源）式体系中，近来的研究认为将多源的隔离断奶猪混养一起造成饲料转化率和增重率的下降。解决的途径之一，是考虑将场点一中的4个位点，例如由不同的隔离位点组成的4个繁殖生产阶段猪场变一个场点，这样就不需要对4个母猪场之间人员、猪群和车辆的移动进行防范。如有需要，空怀或妊娠的小母猪可在猪场之间移动，以占满妊娠栏和分娩栏。同样，所引进的种猪也可在一个公用区域内进行隔离和驯化，然后同时分配到各个母猪场。
⑵场点二（保育生产阶段）或场点三（育成生产阶段）。
在一个生产场点中，所有的位点都应很好地隔离（间隔大于0.5～1.0英里），要采取严格的防范措施防止传染因子的场点内传播。
7、防止传染因子在场点内部的垂直传播
多点生产的主要目的之一，是生产比其母猪更健康的隔离断奶猪。在该体系中最具高健康状况的猪的猪龄是位于场点二中的其中一个位点（猪舍或单元）上的近期断奶猪。但是必须采取生物安全的方法阻止来自场点一的传染因子传染给隔离断奶猪。例如，应该注意避免隔离断奶猪接触原产房外的任何母猪和仔猪。
为了减少传染因子内部传播的机会，大多数多点式生产体系都对人员在不同位点间的移动建立了相似的规章制度。由于新断奶的隔离断奶猪被认为是具有最高健康状况的，因而特推荐以下的人员移动顺序：
从场点二到场点三：在两者之间沐浴并更换衣服后可以在同一天进入。
从场点二到场点一：在两者之间淋浴并更换衣服后可在同一天进入。
从场点一到场点二或场点三，或从场点三到场点一或场点二：不可在同一天进入，需在场点之间休息相隔一夜。
如果在任一场点或其中的一个位点内发生疫病，那么有关更换人员、猪和运输工具的移动顺序似乎需要改变。
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