2.4 发酵床是靠木屑、米糠等粉状物吸收猪的排泄物，而猪有拱食的习惯，木屑、米糠等粉状物会因为猪 拱食物进入呼吸道，造成呼吸道疾病。
2.5 发酵后在垫料中存在着大量的霉菌毒素，猪有拱食的习惯，猪只采食霉菌毒素后,常引起免疫抑制，抵抗力下降，饲料报酬不升而降。
2.6 夏季猪舍内温度过高，影响猪的生长发育，日本是高层养猪，很多猪场猪舍内均装有空调，而发酵床养猪猪舍内发酵起来温度太高，夏天不利于猪的健康生长。特别是在我国的南方地区，本来气温就很高，发酵散热虽然表层温度并不高，但使猪所处的环境温度上升，猪只生长速度缓慢、饲料报酬有所下降。
2.7 床面湿度必须控制在 60%左右，湿度过低不利于微生物繁殖，并会导致猪发生呼吸系统疾病，而湿度过高猪寄生虫病危害严重，猪在啃食菌丝时将虫卵再次带入体内而发病，而且皮肤病危害严重。
2.8 发酵床养猪法猪群转群较为不便，饲喂也较麻烦，如果没有配合较先进的饲喂设备，饲养员的劳动量不一定能降低。
2.9由于猪舍是半开放式的，受外界的环境变化的影响，如何使菌种在不同的气候条件下都能发挥较高的效率也是一个需要解决的问题。而且单位面积饲养猪的头数过多，床的发酵速度就会降低，不能迅速降解、消化猪的粪尿。
根据目前我国的实际情况，大规模推行发酵床养猪法仍值得探讨，客观地说，目前发酵床养猪法比较适合我国北方地区规模较小的养猪户（场）应用。
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