免疫抑制问题：近年来由于圆环病毒病、蓝耳病、支原体肺炎等免疫抑制性疾病的流行，霉菌毒素中毒，抗生素的滥用很多因素造成猪场免疫抑制问题很严重。导致猪的免疫系统受损。暂时性或持久性的免疫应答功能紊乱。这种情况一方面造成机体免疫力下降，容易发生多种疾病混合感染，发病复杂和治疗难度大，死亡率高，经济损失大。另一方面造成疫苗免疫失败，导致近年来烈性传染病蓝耳病、五号病、猪瘟等流行严重。
母猪生产性能低：母猪不发情，配种率低，产子率低，并且经常有流产、死胎、木乃伊胎、弱仔等问题是当前猪场碰到的主要问题。也是造成猪场效益低的主要原因。
疾病发病的病因和发病过程的复杂化，治疗难度大：近年来疾病的非典型化和多种疾病的混合感染，给猪场带来很大的困惑。这一类疾病发生后诊断难度大，猪场兽医很难找到真正发病原因，乱用药导致疗效差，损失大。此外多种疾病混合感染，机体多系统衰竭，无特效药物治疗，治疗难度大，死亡率高，也是给猪场造成巨大损失的另一方面。
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