在运输过程中应想方设法减少种猪应激和肢蹄损伤，避免在运输途中死亡和感染疫病。要求供种场提前2小时对准备运输的种猪停止投喂饲料，赶猪上车时不能赶得太急，注意保护种猪的肢蹄，装猪结束后应固定好车门。
长途运输的车辆，车厢最好能铺上垫料，冬天可铺上稻草、稻壳、锯末，夏天铺上细沙，以降低种猪肢蹄损伤的可能性；所装载猪只的数量不要过多，装得太密会引起挤压而导致种猪死亡；运载种猪的车厢隔成若干个栏圈，安排4头~6头猪为一个栏圈，隔栏最好用光滑的钢管制成，避免刮伤种猪；达到性成熟的公猪应单独隔开，并喷洒带有较浓气味的消毒药（如复合酚等）或者与母猪混装，以免公猪之间相互打架。
长途运输的种猪，应对每头种猪按1ml/10kg注射长效抗生素，以防止猪群途中感染细菌性疾病，对于临床表现特别兴奋的种猪，可注射适量氯丙嗪等镇静针剂。
长途运输的运猪车应尽量走高速公路，避免堵车，每辆车应配备两名驾驶员交替开车，行驶过程应尽量避免急刹车；应注意选择没有停放其他运载相关动物车辆的地点就餐，绝不能与其他装运猪只的车辆一起停放；随车应准备一些必要的工具和药品，如绳子、铁丝、钳子、抗生素、镇痛退热药以及镇静剂等。
另外，新引进的种猪，应先饲养在隔离舍，而不能直接转进猪场生产区，因为这样做极可能带来新的疫病，或者由不同菌株引发相同疾病。种猪到达目的地后，立即对卸猪台、车辆、猪体及卸车周围地面进行消毒，然后将种猪卸下，按大小、公母进行分群饲养，有损伤、脱肛等情况的种猪应立即隔开单栏饲养，并及时治疗处理。先给种猪提供饮水，休息6小时～12小时后方可供给少量饲料，第二天开始可逐渐增加饲喂量，5天后才能恢复正常饲喂量。种猪到场后的前二周，由于疲劳加上环境的变化，机体对疫病的抵抗力会降低，饲养管理上应注意尽量减少应激，可在饲料中添加抗生素（可用泰妙菌素50mg/kg、金霉素150mg/kg）和多种维生素，使种猪尽快恢复正常状态。种猪到场后必须在隔离舍隔离饲养30天～45天，严格检疫。特别是对布氏杆菌、伪狂犬病（PR）等疫病要特别重视，须采血经有关兽医检疫部门检测，确认没有细菌感染阳性和病毒野毒感染，并监测猪瘟、口蹄疫等抗体情况。种猪到场一周开始，应按本场的免疫程序接种猪瘟等各类疫苗，7月龄的后备猪在此期间可做一些引起繁殖障碍疾病的免疫注射，如细小病毒病、乙型脑炎疫苗等。种猪在隔离期内，接种完各种疫苗后，进行一次全面驱虫，使其能充分发挥生长潜能。在隔离期结束后，对该批种猪进行体表消毒，再转入生产区投入正常生产。
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