猪传染性胃肠炎、猪流行性腹泻、猪轮状病毒是引起猪腹泻的主要病毒性因素。我们应该将病毒性腹泻和其他原因引起的腹泻相区别，以确定病因，及早采取措施，根治疾病。
猪传染性胃肠炎、猪流行性腹泻的主要病变在胃和小肠，其它脏器均无肉眼可见病变。组织学检查可见小肠绒毛萎缩变短、脱落，猪传染性胃肠炎患猪绒毛高度与隐窝深度之比从正常的7:1缩小到1:1，而流行性腹泻患猪缩小到3:1。猪轮状病毒感染病变主要在小肠。胃弛缓，内充满凝乳块和乳汁。肠壁菲薄、半透明，内容物为水样液体，呈灰黄色或灰黑色。组织学检查，小肠粘膜充血、出血，可见绒毛萎缩、变形、脱落，上皮细胞脱落及上皮细胞质内空泡化。
与一般条件因素引起的腹泻的鉴别诊断
猪病毒性腹泻为群发，而一般条件因素引起的腹泻多呈散发，伴有条件的改变，如温度的突然改变、换料、断奶等。病毒性腹泻发病季节性强，冬春季节多发，伴有呕吐、水样腹泻；而一般因素引起的腹泻往往与季节关联不是很紧密，呕吐的现象相对较少，多呈稀便(也有水样便的发生)。单纯的病毒性腹泻抗生素治疗没有效果。
与饲料因素引起的腹泻的鉴别诊断
病毒性腹泻与饲料原因引起的腹泻都有群发的特点。饲料因素引起的腹泻与病毒性腹泻的不同点是其没有传染性，常常与突然更换饲料、饲料发霉等现象有关，腹泻发生的时间比较整齐，相隔时间较短，体质好的可能反应比较严重。更换掉发霉饲料后，腹泻停止。一般在胃肠道都可出现损伤，而不是局限于小肠部分。而病毒性腹泻常常先在部分圈舍中出现，然后蔓延到全群，时间相对较长，一般要7d以上，肠道的变化主要集中在小肠段，引起小肠壁变薄，粪便一般呈水样。
与伴有腹泻症状，但是以其他临床表现为主的疾病的鉴别诊断
很多传染性疾病的发生都伴有腹泻症状，但是这些疾病发生后不是以腹泻症状为主，都伴随着其他症状，必须结合其他症状来区分这些疾病与病毒性腹泻疾病。如猪瘟，腹泻与便秘交替出现，同时伴随高热和全身出血。伪狂犬病发生后也会出现呕吐和腹泻症状，但仔猪都伴随有神经症状，母猪可出现流产、产死胎和木乃伊胎等。
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